精英杀手组织“夜莺”的王牌杀手零，接到了一个荒诞的任务：去一所普通高中当老师，保护一名可能成为暗杀目标的学生。零对“教育”一窍不通，他的课堂充满了如何用圆珠笔制服歹徒、如何利用地形逃脱追踪等“危险”知识。学生们以为老师中二病，直到一次真实危机降临，他们才明白这些“秘密教学”的意义。
学生们毕业了，零也完成了保护任务。他准备悄无声息地离开，却被全班同学堵在门口，他们用零教的“战术围堵”成功抓住了他，并送上了亲手制作的毕业册。
有杀手伪装成家长混入家长会，零为了保护学生，和对方在教学楼里展开了一场无声的对决，最后用拖把将对方制服，并解释为“清洁事故”。
学校组织野外生存训练，零趁机上了一堂“如何在野外反追踪”的实践课。结果学生们学得太好，把扮演“追兵”的零给成功“伏击”了。
零发现目标学生因为家庭问题想轻生，他在天台上用自己杀手的经历告诉他：“生命就像任务，即使失败，也可以重来。”成功开导了学生。
零在课堂上教学生们如何用钢笔进行近身格斗，被校长巡视时发现。他面不改色地说这是“创新思维拓展课”，并让校长亲自体验了一下，校长差点闪了腰。
全校师生都对这位新来的、面无表情的数学老师感到好奇。他在第一节课就用一根粉笔打中了飞进教室的蜜蜂，精准无比，学生们惊呼“好帅”。